Benvoluto da tutti, Clemente IX si dimostrò papa caritatevole e comprensivo dei bisogni del popolo tanto da abbassare le tasse e dividere la sua mensa con i poveri.
Fu cauto nell'affrontare il problema della nuova nobiltà nepotista arricchitasi a dismisura con i suoi predecessori, così non toccò le immense fortune accumulate dai Chigi, dai Barberini, dai Ludovisi.
Egli stesso fu cautamente nepotista ma non sperperò i beni della Chiesa per i suoi parenti, li impiegò piuttosto per proseguire l'opera di risanamento e di abbellimento di Roma e per opere caritatevoli. Tra le altre cose contribuì a migliorare la condizione degli ebrei romani ed abolì la Corsache questi erano obbligati a fare ogni carnevale per il divertimento del popolino.
Anche lui proseguì l'opera di abbellimento di Roma, facendo erigere le statue sul colonnato di San Pietro e sulk ponte di Castel Sant'Angelo
Questa sua distanza dalla politica internazionale lo fece benvolere dalla Francia del Re Sole che gli concesse una flotta per aiutare Venezia contro i Turchi che volevano conquistare Candia (Creta). La guerra fu persa e quando la notizia giunse al papa ne ebbe un dolore così forte da avere un colpo apoplettico.
Così commentò Pasquino:
Tu che cerchi il suo tumulo, sappi che giace qui
Clemente nono. Per Creta fu mutato in polvere.
