Il suo non fu un pontificato tranquillo.
I romani che avevano visto in Alessandro III il difensore delle libertà comunali, furono amaramente delusi quando quello stesso papa impose a Roma l'autorità temporale della Chiesa e lo costrinsero a morire in esilio.
Anche il suo successore non volle riconoscere a Roma la qualità di libero Comune e fu costretto a rifugiarsi a Segni da dove invocò l'aiuto di Cristiano di Magonza che arrivò dalla Tuscia e disperse i rivoltosi.
Da allora in poi l'odio dei romani contro il clero fu feroce: non potendo espugnare le mura del castello, devastarono tutto quanto c'era intorno, presero dei preti e cavarono gli occhi a tutti meno che a uno, poi li misero incappucciati con la mitra su degli asini e ordinarono a quello che ancora ci vedeva di portare il corteo dal papa.
Lucio III scappò a Verona dove incontrò l'imperatore; furono emanati decreti di scomunica contro i Catari e i Valdesi che vennero banditi dall'impero.
Ben presto tra il papa e l'imperatore nacquero divergenze riguardo a nomine vescovili e soprattutto alla rivendicazione, da parte della Chiesa, dell'eredità di Matilde di Canossa che Federico non intendeva cedere e per ripicca il papa si rifiutò di assecondare la richiesta di unzione del figlio Enrico richiesta dal Barbarossa.
Così stando le cose, Federico non ci pensava neppure di aiutare Lucio a rientrare a Roma e se ne tornò in Germania intascando il successo di un fidanzamento tra il figlio Enrico e la figlia di Ruggero il normanno, Costanza d'Altavilla; un'alleanza che stringeva in una tenaglia lo Stato della Chiesa.
Lucio si consolò lanciando la scomunica contro i romani. Morì a Verona e fu sepolto nel Duomo di quella città.
