Era un benedettino e visse nel convento di S. Sebastiano a Roma.
L'approvazione per la sua elezione venne dall'imperatore Foca 10 mesi dopo la morte di Bonifacio III.
Ottenne da Foca l'acquisizione alla Chiesa del tempio di Agrippa, il Pantheon, che dedicò alla Vergine e a tutti i martiri (S. Maria ad Martyres). Bonifacio avrebbe saccheggiato tutte le catacombe fino a riempire 28 carri di ossa che seppellì sotto la Confessione del nuovo Santuario.
La leggenda vuole che durante la consacrazione della nuova chiesa, al canto del Gloria, si innalzassero in volo schiere di dèmoni atterriti che uscivano dal tempio pagano. Uno di questi demoni, più grosso degli altri, avrebbe provocato il foro al centro della cupola.
