Personalità autoritaria, impose le sue direttive con "decretali" che non ammettevano repliche, proseguendo la linea di condotta di Siricio e qualificandosi in embrione come "Papa", qualifica che diventerà netta e sostanziale con Leone I Magno.
Durante il suo pontidìficato iniziarono le invasioni barbariche che giunsero fino a Roma, a cui dovette far fronte quando i Goti di Alarico nel 410 saccheggiarono la città. Roma era completamente indifesa e il popolo confidava nella figura del proprio vescovo per scampare alla barbarie.
Il suo ruolo in questa circostanza lo pone come defensor urbis, precursore di Leone Magno.
Dovette combattere le eresie di Pelagio sul peccato originale, sul libero arbitrio e sulla grazia divina.
Il papa chiese ed ottenne da Onorio, che aveva proclamato il cristianesimo religione di stato, di emanare leggi severe contro le eresie; ottenne inoltre la messa al bando dei giochi circensi.
Innocenzo costruì la chiesa dei Santi Gervasio e Protaso (in seguito S. Vitale) e proseguì la decorazione di Sant' Agnese.