La chiesa di San Giovanni Decollato apparteneva alla Confraternita della Misericordia, istituzione nata a Firenze e di cui faceva parte anche Michelangelo, che si incaricava di assistere i condannati a morte.
I corpi dei giustiziati venivano sepolti nel chistro (se avevano accettato i sacramenti).
Dal chiostro si può accedere alla Camera Storica, una sorta di piccolo museo dove sono conservati gli strumenti per le esecuzioni, tra i quali quelli usati per i Cenci e per Giordano Bruno.
La Confraternita godeva del privilegio di salvare dalla morte un giustiziando all'anno e in questo museo si conserva anche la veste rossa che il fortunato doveva indossare.
Vi sono inoltre ampolle con l'acqua e l'aceto aromatico, i rotoli di carta, i calamai e le penne che servivano al condannato per esprimere le sue volontà testamentarie, le lanterne che illuminavano le celle durante l'ultima notte dei condannati, altrimenti perennemente al buio.
C'è persino la cesta entro la quale venivano raccolte le teste mozzate dalla mannaia e non mancano le tavolette con le immagini del Salvatore che i fratelloni tenevano davanti al viso del condannato fino all'istante dell'esecuzione.
Insomma, un altro museo del macabro.