La Mole ha una cinta quadrata, in basso, rafforzata agli angoli dai bastioni di S. Matteo, S. Giovanni, S. Marco e S. Luca.

     Tra le mura quadrate e il cilindro interno c'è uno spazio (ambulacro). Le mura cilindriche corrispondono ai resti dell'antico mausoleo e le mura quadrate al basamento romano cui furono aggiunti i quattro torrioni angolari.

     Il maschio cilindrico rialzato da Benedetto IX (1033 - 44) è completato in alto da una cortina di cotto.
Più sopra ancora la costruzione rinascimentale degli appartamenti papali ornata dalla loggia marmorea dI Giulio II.
In cima la grande terrazza sormontata dalla statua dell'angelo.

     L'ingresso al Castello avviene attraverso l'antica rampa elicoidale lunga 125 metri che conduce alla sala delle urne cinerarie imperiali.

     Lungo la rampa si possono osservare sul pavimento gli sfiatatoi che davano aria alle prigioni sotterranee.
In fondo la canna verticale di un ascensore costruito al tempo di Leone X che permetteva ai pontefici di essere sollevati fino agli appartamenti papali.

     Dove un tempo c'era il ponte levatoio, oggi c'è la Cordonata di Alessandro VI.

     La cordonata passa sopra la cella sepolcrale.
Qui si può osservare la cella dove si trovava l'urna con le ceneri dell'imperatore. La lapide riporta un necrologio scritto dall'imperatore stesso:

"Animula vagula, blandula,
hospes comesque corporis
quae nunc abibis in loca
pallidula, rigida, nudula,
nec, ut soles, dabis iocos".
Publius Aelius Hadrianus, imp.

Piccola anima smarrita e soave,
ospite e compagna del corpo,
che ora ti appresti a scendere in luoghi
incolori, freddi, spogli,
mai più ti abbandonerai ai giochi preferiti.

Publio Elio Adriano, Imperatore

Si prosegue fino al Cortile d'onore detto ora dell'Angelo dall'angelo di marmo opera di Raffaele da Montelupo che era posto in cima al castello prima dell'attuale.

     Il cortile è detto anche delle palle per i cumuli di palle di marmo collocatevi che facevano parte del munizionamento del castello, ora spostate nell'Anfiteatro di Alessandro VI.
Nel cortile si trova la facciata della cappella michelangiolesca fatta costruire da Leone X, in parte modificata nel XVII secolo.
I locali che si affacciano sulla destra erano destinati al Corpo di guardia dove i soldati veterani, detti provvigionati, oltre a sorvegliare i prigionieri di riguardo, preparavano loro da mangiare. In seguito questi locali furono destinati a un Museo delle armi del castello.

Dal cortile si accede subito a sinistra alle sale di Clemente VIII dove si trovano reperti del castello di ogni epoca e alla Sala della giustizia così detta perché vi sedeva il tribunale nel XVI e nel XVII secolo e per l'affresco dell'Angelo della Giustizia di Perin del Vaga.
Sempre dal cortile si accede alla Sala dell'Apollo.

      Risalente a Paolo III , prende il nome dal soggetto delle decorazioni a grottesche dipinte probabilmente da Luzio Luzzi.
A destra l'apertura di una botola-trabocchetto profonda 9 metri e lo sbocco dell'ascensore.
In fondo alla sala a destra, Cappella di Leone X; sull'altare Madonna col Bambino di Raffaele da Montelupo.
Si prosegue verso le Sale di Clemente VII.
Nella prima si può ammirare un dipinto di Giulio Romano. Il soffitto è a cassettoni in entrambe le sale.
Per un corridoio si esce verso Il cortile o Anfiteatro di Alessandro VI. Questo cortile era detto anche "del pozzo dell'olio o del Teatro" perché dal puteale (pozzo di marmo) si prelevava dai depositi sotterranei l'olio e grazie alla sua forma vi si davano anche spettacoli teatrali.

     Una stretta scaletta sulla destra porta al Bagno (o Stufa) di Clemente VII decorato con stucchi ed affreschi da Giulio Romano.

     A sinistra, discendendo la scaletta, si va al piccolo cortile di Leone X parzialmente visibile. Attiguo vi è un altro cortiletto triangolare dal quale una scala conduce ad una cameretta dove si riscaldavano acqua ed aria che circolavano nello spessore delle pareti.
Tornando nel cortile di Alessandro VI e attraversandolo per lungo, si possono vedere i locali dove erano tenuti prigionieri i personaggi di riguardo. Sempre dal cortile, una scala scende verso le Prigioni storiche sotterranee, celle strette e buie che ricevevano aria dagli sfiatatoi.
Sempre nei sotterranei, è vilibile l'Oliare, due vasti ambienti con 84 orci per olio che serviva sia per usi alimentari che per difesa del castello. Accanto agli Oliari, altri locali, i Sili che servivano come deposito di grano, poi trasformati in prigioni.

      Risaliti al Cortile di Alessandro VI, si sale per una scala verso la Loggia di Paolo III di Antonio da Sangallo decorata di stucchi e grottesche. Da qui si possono vedere i bastioni e il fossato esterno, fatti costruire da Pio IV nel 1561, modificati da Urbano VIII e ripristinati nel 1933-34.
Proseguendo nel giro si arriva alla Galleria semicircolare o Giretto di Pio IV.
Nelle camerette a destra abitavano i famigli del papa, poi divennero prigioni militari. Ora vi si trova un museo delle armi e delle uniformi.
Proseguendo, si arriva alla Loggia di Giulio II costruita dal Bramante.

     Si possono notare in tutto il castello gli stemmi martellati dai francesi nel 1789.
Il "giretto" continua nello "scoperto" di Alessandro VII. Da questa parte è visibile Il Passetto o Corridore di Borgo, la cinta di mura percorribili che congiunge Castel Sant'Angelo al Vaticano.
Al termine del "giretto" si torna al Coperto di Giulio II prima del quale una scala conduce all' Appartamento papaleadattato da Paolo III.
La Sala Paolina o del Consiglio

     Ë decorata con stucchi di Girolamo da Sermoneta e Baccio da Montelupo. La decorazione delle pareti con curiosi trompe-l'oeil (inganni dell'occhio)è opera di Perin del Vaga e di Pellegrino Tibaldi.

      Nel pavimento a marmi policromi, il grande stemma di Innocenzo XIII che restaurò la sala.
Da qui si accede alla Camera del Perseo, dal fregio di Perin del Vaga con soffitto ligneo del 1500. Questo ambiente conduce nella Camera di Amore e Psiche, così detta dal fregio di Perin del Vaga, arredata con mobili dell'epoca.
Tornati alla sala del Consiglio si procede per un corridoietto decorato a grottesche per passare alla Sala della Biblioteca con un grande camino di marmo di Raffaele da Montelupo ed arredamento dell'epoca. Più avanti, a sinistra la Camera dell'Adrianeo così chiamata per la riproduzione del mausoleo nel fregio. Di fronte all'ingresso, pala d'altare raffigurante Madonna con Bambino di Luca Signorelli.
Accanto, la Camera dei Festoni così detta dai fregi che la decorano.
Da qui una scaletta porta alla Cagliostra, una saletta in cui fu tenuto prigioniero Cagliostro. Accanto, il Gabinetto del Delfino e della Salamandra e il Gabinetto della Cicogna (non sempre visitabili).

Si torna nella Sala della Biblioteca e attraversandola si arriva alla Camera dell'Archivio Segreto, poi del Tesoroarredata con armadi che servivano a contenere l'archivio istituito da Paolo III e il forziere del Tesoro della Chiesa.
Salendo la stretta scala si arriva alla Sala Rotonda che si trova sotto l'Angelo e proseguendo per la scala si arriva alla Terrazza da dove si può ammirare, oltre ad uno stupendo panorama, anche l'angelo bronzeo di Pietro Van Verschaffelt sostituito nel 1753 a quello di Raffaele da Montelupo.

Scendendo verso l'uscita si possono visitare i bastioni, i posti di guardia e le botteghe degli armieri.