Si spiega allora perché la persecuzione antisemita si sia fatta dura ed intransigente proprio quando, con la Controriforma, la Chiesa vedeva minacciata come mai prima la propria egemonia.
Nello zelo di un rinnovato rigore dei costumi e di una ritrovata purezza dottrinale furono coinvolti anche tutti quei "diversi", tra cui gli ebrei, che non si omologavano al volere della Cattedra di Pietro.
Già nel 1442 papa Eugenio IV emana la bolla Dudum ad nostram audientiam con la quale, per compiacere i re di Spagna, vieta la convivenza tra cristiani ed ebrei, ordinando a questi ultimi di segregarsi nei propri quartieri.
Nei decenni seguenti, per tutta l'Italia e per l'Europa, passerà la furente predicazione antisemita dei francescani, Giovanni da Capistrano, Bernardino da Siena e Bernardino da Feltre, che indirizzeranno la mentalità comune verso la ghettizzazione degli ebrei, esortazioni che furono infine raccolte e messe in atto da Paolo IV Carafa.

     Abbiamo già accennato che la sede originaria degli ebrei a Roma si può localizzare in Trastevere.
Dopo il Mille si verifica una trasmigrazione da una sponda all'altra del Tevere, anche se una certa parte della comunità resta intorno alla scuola di Medicina che sorgeva, appunto, in Trastevere. Forse anche per questo, il Ponte Quattro Capi fu chiamato Pons Judaeorum.
In questo periodo gli ebrei non hanno obbligo di residenza e possono stabilirsi dove vogliono, ma è un fatto che tendessero ad abitare nella stessa zona, come tutte le minoranze.

     Questa tendenza alla "auto - ghettizzazione" delle minoranze fu per certi versi dovuta ad uno stato di necessità, oltre che al desiderio di mantenere vive le proprie tradizioni, i propri usi, la propria lingua.
Si tendeva ad abitare nello stesso quartiere, ad aggregarsi spontaneamente nella stessa zona della città per una forma spontanea di autoprotezione dalle frequenti aggressioni e persecuzioni che venivano sovente attuate contro la parte più debole e minoritaria della società.

     Era infatti cosa ricorrente che qualunque calamità naturale, inondazione, pestilenza, incendio o quant'altro potesse colpire la città, fosse imputata agli ebrei; di conseguenza, la folla inferocita si scatenava in cerca di "giustizia" e si placava solo dopo aver visto scorrere il sangue.
Era dunque più facile, restando uniti, trovare qualche forma di difesa.
Nel 1553 si convertì all'ebraismo un frate francescano, Cornelio da Montalcino, per questo arrestato e condannato al rogo, e tale fatto fu preso a pretesto per una nuova repressione antiebraica, tanto che Giulio III ordinò nuovi roghi di libri ebraici.