Dedicata ai santi Filippo e Giacomo Minore., è ricordata dalle fonti come una delle più ricche e venerate dell'alto Medioevo, grazie anche alla sua posizione centrale in prossimità dei Fori imperiali e del tratto urbano della Via Flaminia (Via Lata, l'attuale Via del Corso).
In questa chiesa hanno lasciato tracce le famiglie di maggior rilievo come i Riario, i Colonna, i Muti, i Mancini, gli Odescalchi.
Iniziata sotto Pelagio I (556-551), i lavori proseguirono sotto Giovanni III (651-74) utilizzando materiali provenientiu da costruzioni dell'età imperiale.
La basilica fu restaurata nell'VIII e nel IX secolo, quando furono portati al suo interno i resti di molti martiri. Altri lavori furono fatti successivamente, nel XII secolo dino al 1348 quando un disastroso terremoto la danneggiò seriamente facendole conoscere un lungo periodo di abbandono.
Martino V iniziò la trasformazione rinascimentale dell'edificio e il fratello del papa, Gerolamo Colonna, fece costruire a fianco della chiesa il grandioso palazzo di famiglia, le cui vicende saranno strettamente connesse a quelle della basilica.
Nel 1439 il palazzo fu acquisito dal Cardinale Giovanni Bessarione che divenne titolare della basilica e vi fece costruire la sua casa.
Ne decise l'assegnazione ai Frati Minori Conventuali che tutt'ora la detengono affidando l'abbellimento degli interni ad Antoniazzo Romano.
Altri interventi si ebbero con Sisto IV; al nipote di questi, Giuliano della Rovere, futuro Giulio II, si deve, tra gli altri interventi, il bel portico a due ordini tutt'ora esistente e la sostituzione del mosaico absidale, molto malridotto, con un affresco di Melozzo da Forlì, poi eliminato dal restauro settecentesco.
Verso la metà del '600 fu incaricato a Carlo Rainaldi per il rifacimento della basilica che fu profondamente modificata assumendo un aspetto decisamente barocco. I lavori effettuati però compromisero la stabilità dell'edificio e agli inizi del 1700 fu dato incarico a a Francesco Fontana prima e al padre Carlo poi, di ricostruirlo completamente nell'aspetto neoclassico che ci è pervenuto oggi.

      La facciata neoclassica, su disegno di Giuseppe Valadier, si presenta disadorna, altissima, tripartita da leggere lesene e con un finestrone rettangolare nel mezzo.
E' preceduta da un grande portico di Braccio Pontelli (fine sec. XV) che si distende con nove arcate su due ordini: il primo a pilastri ottagonali con lo stemma dei Della Rovere nei capitelli, e il secondo con semicolonne ioniche contro i pilastri, formante un loggiato continuo.
Il Rainaldi chiuse questo loggiato inserendovi finestre barocche e una balaustrata con le statue di Cristo e dei 12 apostoli.

     Portico
Sotto il portico, chiuso da cancellate, stele dell'incisore Giovanni Volpato del Canova. Un' aquila imperiale, rilievo romano del II sec. sotto il quale è un leone del XIII secolo. Ai lati della porta mediana due leoni romanici e a sinistra pietra sepolcrale col ritratto di Giovanni Colonna di L. Capponi e dello stesso lapide al musicista Gerolamo Frescobaldi.

     Interno
Pianta a tre navate divise da grandi pilastri a lesene corinzie con 3 cappelle per lato, ciascuna coperta da una cupola.
Sulla volta affresco del Baciccia raffigurante Il trionfo dell'Ordine di S. Francesco e gli evangelisti di Luigi Fontana.
Nella controfacciata, sopra la porta mediana, stemma di Clemente XI fra 4 figure allegoriche a stucco.

     Navata destra
Cappella Odescalchi su progetto di L. Sassi con il ricco altare e sul pavimento un enorme stemma di Innocenzo XI Odescalchi.
In fondo, la Cappella del Crocefisso di L. Carimini.
Nell'abside Martirio dei Ss. Filippo e Giacomo di Domenico Muratori (1704); a sinistra monumento del cardinale Pietro Riario di Andrea Bregno; Bassorilievo della Madonna con Bambino di Mino da Fiesole; a destra tomba del conte Giraud d'Ansedum, della scuola di A, Bregno e sopra tomba del cardinale Raffaele Riario.

     Navata sinistra
In fondo, monumento a Clemente XIV Ganganelli di Antonio Canova.
Nella 3a cappella, S. Francesco, pala d'altare di Giuseppe Chiari; monumento del cardinale Carlo Colonna a sinistra, e di Maria Lucrezia Rospigliosi Salviati a destra, entrambi di Bernardo Ludovisi.
Nella 2a cappella, S. Giuseppe da Copertino, pala di Giuseppe Cades.
Nella 1a cappella Pietà, pala di Francesco Manno.