Si giunge a questa basilica passando da due strade che vale la pena di menzionare:
la prima parte da Piazza della Navicella e vi si accede passando sotto l'Arco di Dolabella (antica Porta Celimontana, grande fornice di travertino costruito nell'anno 10 dai consoli Cornelio Dolabella e Giunio Silano sostenente i condotti dell'acqua Marcia e poi Claudia). La via corre incassata tra due alte mura e la sera alla luce dei lampioni è particolarmente suggestiva.
La seconda strada parte dalla Chiesa di San Gregorio ed è costituita dall'antico Clivus Scauri, oggi Clivo Scauro sormontato da sette arcate di contrafforte alla chiesa di San Giovanni e Paolo risalenti al XIII e al XIV sec.
La piazzetta antistante la basilica è di forma irregolare, molto suggestiva per le costruzioni medievali che la circondano.

     Antico titulus ricordato fin dal V secolo, la prima chiesa fu costruita sulla casa di due militari di Costantino, Giovanni e Paolo, martirizzati nel 361 da Giuliano l'Apostata.
Poco tempo dopo, nel 398, il senatore Bizante e suo figlio Pommachio, pure senatore, eressero sopra il santuario dei due martiri, la basilica come nel suo complesso, pur con numerosi rifacimenti, è giunta fino a noi.
Fu rifatta dopo il terremoto del 442 e dopo la devastazione dei Normanni di Roberto il Guiscardo (1084).
Sotto Pasquale II (1099 - 1118) il cardinale Teobaldo riedificò l'attiguo convento e iniziò il campanile che fu ultimato alla metà del XII secolo dal cardinale Giovanni da Sutri a cui si deve anche l'attuale portico, eretto in sostituzione dell'antico nartece. Il campanile romanico è decorato da doppie bifore e da policrome scodelle di ceramica, piantato sui massi del preesistente Tempio di Claudio.

Gli interventi sulla basilica sono stati numerosi fino alla totale trasformazione dell'interno dovuta al cardinale Paolucci nel 1715.
Recenti esplorazioni sotterranee hanno permesso il ritrovamento di antiche strutture della basilica Pammachiana del IV secolo, che hanno permesso una ricostruzione attendibile dell'intero complesso.

     Esterno
La facciata è composta in basso da un portico del XII sec. costruito dove originariamente era il nartece, con 6 antiche colonne di granito africano con capitelli ionici e 2 laterali in marmo lunense con capitelli corinzi su cui posa l'architrave recante un'iscrizione dedicatoria.
Al di spora la galleria aggiunta dal cardinal Savelli (1216).
Sulla fronte in alto, 5 snelle arcate della pentafora per la quale l'architetto di Pammachio usò colonne di marmo del III secolo.
Sulla destra l'adiacente edificio conventuale dei Padri Passionisti cui è affidata la chiesa, che si è venuto a formare in epoche successive, con una loggia bizantineggiante di bifore e trifore e una quadrifora.
Il portale della chiesa è cosmatesco con un'aquila sull'architrave e due leoni accosciati ai lati.

Va da piazza Ss. Giovanni e Paolo a piazza di S. Gregorio.
Corre lungo la fiancata della basilica e deve il suo nome al console M. Emilio Scauro (109 aC.). Il Clivo (pendenza) conserva assai bene l'aspetto assunto nella tarda età imperiale per la presenza delle facciate di antichi edifici (tra i quali l'insula della chiesa dei Ss. Giovanni e Paolo) collegati tra loro dalle arcate in laterizio che scavalcano la strada.
Le arcate, in realtà dei contrafforti di sostegno alle mura, furono rifatte in età medievale e fino al 1500 erano sormontati da un secondo ordine.
Superati gli archi, dopo un portale seicentesco, si nota sulla sinistra, l'abside di un'aula di tipo basilicale nella quale si è voluta identificare la Biblioteca di Agapito costruita nel 535-6 da papa Agapito I.

L'interno è diviso in tre navate da pilastri affiancati alle antiche colonne. La trasformazione del '700 ha tolto purtroppo alla chiesa l'aspetto dell'antica basilica paleocristiana.
Il pavimento cosmatesco ha subito molti restauri.
Tra le opere più pregevoli un affresco bizantineggiante (1255) rappresentante Cristo in trono tra 6 apostoli che si trova in un ambiente a destra dell'altare (chiedere al sagrestano - mancia).
In fondo alla navata a destra l'ingresso ai sotterranei scoperti nel 1887 che sono forse la parte più interessante della chiesa: una casa romana a due piani; si tratta di 20 ambienti spettanti a 3 edifici diversi (un palazzo romano, una casa, un oratorio) molti dei quali conservano avanzi di affreschi del II-III sec. dell'impero.

L'IPOGEO DI SAN GIOVANNI E PAOLO

      Gli scavi furono iniziati nel 1877 da Padre Germano da S. Stanislao, rettore della basilica.
Si tratta di 20 ambienti spettanti a tre edifici diversi: un' insula con abitazioni e botteghe, una domus signorile con impianto termale privatoe una casa cristiana. In essi sono conservati affreschi risalenti al medio e tardo impero raffiguranti soggetti di varia natura, sia pagana che cristiana.

Portico sul Clivo Scauro (ingresso)

Oratorio medievale

Stanza dei Geni

Decorazione a finto marmo

Bue e api saltatrices

Aula dell'Orante

Confessio

Cella vinaria

Decorazione e finta opera isodoma

Balneum

Ninfeo di Proserpina

Antiquarium

Il Ninfeo raffigurante secondo alcuni Peitho e Proserpina o secondo altri Dioniso, Tetide e una Nereide.

Ninfeo

Si passa quindi nell'Aula dell'Orante decorata con finte incrostazioni marmoree.

Stanza dell'Orante o Oratorio

Il Triclinium affrescato con geni alati che sostengono festoni di fiori.

Stanza dei geni

Più oltre si incontra la Confessio, uno stretto ambiente completamente affrescato (ultimo quarto del IV sec) con raffigurazioni non ancora completamente definite nel loro significato.

Confessio